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        我院李慶順課題組在Genome Research上發表高水平論文深入剖析水稻轉錄組

        2016年10月16日 諸姮 3738

                10月12日,國際基因組研究權威雜志 《Genome Research》(JCR一區,近5年影響因子14.381)在線發表了我院李慶順教授課題組及其合作者的最新研究成果“Genome-wide dynamics of alternative polyadenylation in rice”。該論文全面而系統地描繪了水稻發育過程中選擇性多聚腺苷化(APA)動態變化以及對產量性狀關鍵基因表達調控的影響,為理解基因表達轉錄后調控提供嶄新的認識,同時也對水稻基因組注釋提供更加精確數據。
        選擇性多聚腺苷化是在真核生物中一種廣泛存在的基因轉錄后調控現象。但是,APA對像水稻這樣重要的作物的基因表達調控了解不多。APA現象能夠使一個基因產生不同長度的編碼或非編碼區,影響信使核糖核酸(mRNA)穩定性、可翻譯性、亞細胞定位、微RNA結合等。因此,這種轉錄后調控機制對產生mRNA的最終功能產物——蛋白質具有重要的影響。
                水稻不僅是世界上最重要的糧食作物之一,也是單子葉模式植物。先前的數據表明水稻中存在一些APA, 但由于測序數據有限,而不能很好地對APA位點進行檢測。本項目研究人員利用我們自己研發的Poly(A) Tag測序法(PAT-Seq),系統地探討了水稻發育過程中不同水稻組織和發育階段的14個樣本(共42個文庫)全轉錄組APA景觀圖。結果表明,APA顯著地與水稻發育和數量性狀位點(QTL)基因緊密相關。大約48%表達的水稻基因通過APA產生不同長度的轉錄本。同時也發現一些基因在水稻發育過程中發生了APA 位點變換,說明水稻發育過程中這些基因APA位點使用具有傾向性。有意思的是,成熟花粉中的APA輪廓最不同于其他組織,包括一些重要的poly(A)因子也存在差異表達,從而表明在配子體發育過程中具有獨特的APA形成規律。


        Fu, H.H., Yang, D.W., Su, W.Y., Ma, L.Y., Shen, Y.J., Ji, G.L., Ye, X.F., Wu, X.H. and Li, Q.Q., Genome Research, 2016.

                本研究成果將有助于理解植物如何通過APA來調控轉錄組的多樣性,以及探究基因表達以達到對環境更迅速、準確的響應之機理。該項目的成果不僅為廣大植物研究者提供目前最完善的全轉錄組APA信息,也為水稻育種專家用于新品種選育提供重要數據。
                該論文是由我院李慶順教授團隊、福建農科院水稻研究所葉新福研究員團隊以及廈門大學自動化系吉國力教授團隊共同合作完成。共同第一作者之一為我院2013級博士研究生付海輝。

                文章鏈接:http://genome.cshlp.org/content/early/2016/10/12/gr.210757.116.abstract#corresp-1

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